انتشار متن نامه محرمانه آیت الله خمینی درباره علل پذیرش قطعنامه 598 و پایان جنگ هشت ساله ایران و عراق با سانسور و دستکاری رسانه های گروهی ایران روبرو شد.
انتشار این نامه در اوج بحث پیرامون علل تداوم جنگ هشت ساله ایران و عراق و دلایل پذیرش قطعنامه پایان جنگ صورت می گیرد که در هفته موسوم به دفاع مقدس میان اکبر هاشمی رفسنجانی جانشین آیت الله خمینی در اداره امور جنگ و محسن رضایی فرمانده وقت سپاه بوجود آمد. اظهارات رفسنجانی در یکی از سخنرانی های خود مبنی بر اینکه نامه محسن رضایی به آیت الله خمینی درباره کمبود امکانات نظامی یکی از دلایل پذیرش قطعنامه 598 بود با تکذیب وی روبرو شد که اعلام کرد نامه یاد شده را خطاب به هاشمی نوشته است و نه خمینی. در واکنش به این تکذیبیه ، دفتر هاشمی رفسنجانی نامه مذکور را انتشار داد که در آن آیت الله خمینی پیرامون علل پذیرش قطعنامه 598 ، از قول محسن رضایی فرمانده وقت سپاه پاسداران آورده است : " تا پنج سال ديگر ما هيچ پيروزی نداريم، ممکن است در صورت داشتن وسائلی که در طول پنج سال به دست می آوريم قدرت عمليات انهدامی يا مقابله به مثل را داشته باشيم و بعد از پايان سال ۷۱ اگر ما دارای ۳۵۰ تيپ پياده و ۲۵۰۰ تانک و سه هزار توپ و سيصد هواپيمای جنگی و سيصد هليکوپتر و قدرت ساخت مقدار قابل توجهی از سلاحهای ليزر و اتم که از ضرورتهای جنگ در آن موقع است باشيم می توان گفت به اميد خدا بتوانيم عمليات آفندی [تهاجمی] داشته باشيم".
تمام خبرگزاری های دولتی ایران که متن نامه را انتشار داده اند بند مربوط به " سلاح لیزری و اتمی " را از نامه آیت الله خمینی حذف کرده اند و خبرگزاری مهر حتی پا را از این فراتر گذاشته و به تحریف آشکار این نامه پرداخته ، تا جایی که درخواست فرمانده سپاه برای در اختیار داشتن جنگ افزار هسته ای را به جمله " قدرت ساختن مقدار قابل توجهی از سلاح های {مختلف}" تغییر داده است. در این میان تنها خبرگزاری ایلنا متن کامل و تحریف نشده نامه را منتشر کرد که آن هم پس از چند ساعت ناچار به سانسور آن شد.
اشاره صریح آیت الله خمینی به در خواست تولید سلاح اتمی توسط یک فرمانده نظامی که اکنون در مسند دبیری مجمع تشخیص مصلحت نظام قرار دارد در حالی بازتاب می یابد که ایران بارها از سوی غرب متهم به تلاش برای ساخت سلاح هسته ای و پنهان داشتن برنامه های اتمی خود به مدت 18 سال شده است. اکنون به نظر می رسد با انتشار این نامه و بند مربوط به ساخت سلاح هسته ای در آن ، دردسر های تازه ای برای ایران در راه باشد آن هم در شرایطی که مذاکرات این کشور با گروه 1+5 به مراحل حساس خود رسیده و رو شدن برگ تازه ای علیه آن می تواند فشارها را بویژه از سوی آمریکا علیه کشورهای میانه روطرفدار مذاکره با ایران افزایش دهد تا آنها نیز به این دیدگاه بپیوندند که باید علیه تهران اقدامات شدیدتری نظیر تحریم اقتصادی و حتی در مراحل بعدی تهاجم نظامی را در دستور کار قرار داد.
از سوی دیگر ، انتشار این نامه نشان می دهد که ایران در صورت داشتن سلاح اتمی و مواجه شدن با تهدیدی چون جنگ ، تردیدی در استفاده از آن نشان نمی دهد همچنان که این موضوع در نامه محسن رضایی به سران کشور نیزبه صراحت مورد اشاره قرار گرفته است. با توجه به این وضعیت ، تهران چگونه قادر به جلب اعتماد جهانی به برنامه صلح آمیز هسته ای خود است در حالی که به صراحت از امکان تولید سلاح هسته ای سخن گفته است ، آن هم در زمانی که به اندازه امروز قوی نبوده است. بدون تردید ایران کشور تناقض هاست و همین رویه موجب شده که اعتماد جهانی نسبت به رفتار سیاست خارجی ایران پایین و حتی از دست رفته باشد.
اصل نامه سانسور نشده آيت الله خمينی درباره پذيرش آتش بس در جنگ ايران و عراق
پاسخ به ابهامات در فرماندهی دفاع مقدس ( مصاحبه محسن رضایی با سایت بازتاب)
نامه محرمانه آیت اله خمینی به روایت خبرگزاری مهر
اشاره به سلاح اتمی در نامه محرمانه آيت الله خمينی ( بی بی سی )
آيا ايران در سال 1988 درصدد دستيابي به سلاح هسته اي بود ؟ (الجزیره انگلیسی )
"جام زهر" خمینی باز می گردد ( آسیا تایمز)